Walki wyznaniowe
Inaczej wyglądał początek dziejów ziem pruskich, przebiegał on bowiem w rzeczywistości pod znakiem zaciętych walk między chrześcijanami i poganami. Po pierwszych nieudanych próbach misjonarzy i późniejszych świętych Kościoła katolickiego Wojciecha i Brunona z Kwerfurtu "misję chrystianizacji" przejęli w XIII w. Krzyżacy, szerząc wśród Prusów wiarę chrześcijańską ogniem i mieczem.
Pojednania?
Wobec prowadzonych w średniowieczu walk wyznaniowych, a zwłaszcza ich późniejszych kontrowersyjnych interpretacji z perspektywy narodowej, zdziwienie może budzić pogląd, jakoby historia religii na ziemiach pruskich mogła zawierać jakiś element pokojowy czy pojednawczy. W ostatnich latach daje się zauważyć pewna zbieżność opini strony niemieckiej i polskiej odnośnie znaczenia Zakonu. Wynika z nich, że rycerze zakonni nie tylko toczyli wojny z poganami, ale mieli też istotny wkład w rozwoju życia religijnego w Europie Północnej.
Jeszcze bardziej zaskakuje fakt, że reformacja zapoczątkowana w 1517 r. przez Marcina Lutra i jego 95 tez, wywołując w Europie trwające przez wiele stuleci walki o "prawdziwą" wiarę, na ziemiach pruskich obyła się bez większych konfliktów. Prusy Książęce były w 1525 r. pierwszym na świecie państwem protestanckim utworzonym po likwidacji państwa krzyżackiego i utrzymującym bliskie i dobre stosunki z katolicką Polską. Protestantyzm przejęła nie tylko niemiecko- i pruskojęzyczna ludność ziem pruskich, ale i napływający tu od czasów późnego średniowiecza osadnicy z Mazowsza (polskojęzyczni Mazurzy) i Litwini. Część mieszkańców ziem pruskich, a mianowicie Warmiacy, pozostała przy katolicyzmie. Do nich dołączyli się z upływem lat Żydzi, prawosławni staroobrzędowcy m.in. filiponi oraz po 1945 r. zwolennicy ukraińskiego Kościoła prawosławnego i katolickiego Kościoła unickiego (unici).
Dopatrywanie się w regionie harmonijnego współżycia tak odmiennych religii byłoby przesadą, raczej możemy mówić tu o występowaniu różnych wyznań obok siebie. Konflikty na tle religijnym pojawiały się fazami, to gasły, to znów zaogniały się, np. podczas Kulturkampfu prowadzonego w XIX w. przez pruski rząd Rzeszy ze szczególną zaciętością w katolickiej Warmii, lub też z końcem I wojny światowej podczas plebiscytu na Warmii i Mazurach, kiedy to ewangeliccy Mazurzy zamiast głosować na katolicką Polskę opowiedzieli się za przynależnością tych terenów do Niemiec.
Wiara dzisiaj
W Europie istnieje dziś wiele różnych wyznań obok siebie, a konflikty na tle religijnym wydają się być rzadsze niż dawniej. Ma to swoje przyczyny. Jedną z nich jest postępujący od XIX w. długotrwały proces sekularyzacji: Religia i instytucje kościelne nie odgrywają już tak doniosłej roli w życiu publicznym jak dawniej. Wiąże się z tym, po drugie, tendencja do indywidualizacji religijnej: Wiara staje się sprawą prywatną, o której decyduje każdy człowiek indywidualnie. Trzecią przyczyną jest pluralizm społeczny: Przyzwyczajeni jesteśmy dzisiaj do tego, że w obrębie jednego społeczeństwa żyją obok siebie osoby różnego pochodzenia i statusu społecznego, o zróżnicowanych przekonaniach politycznych i odmiennych praktykach kulturowych.